In jedes Gewässer werden durch Umwelteinflüsse, Tiere und Menschen Keime und Bakterien eingetragen. Jedoch weiß sich die Natur zu helfen, indem durch unterschiedliche Mechanismen -“ wobei Wasserpflanzen eine große Rolle spielen - Krankheitserreger abgetötet werden. Bei großen Badeseen mit ausreichend Wasservolumen und Umwälzung durch Wind und Zuflüsse geschieht das von selbst. Bei kleineren Schwimmteichen, wie künstlich angelegten "Naturbädern", muss jedoch mit Technik etwas nachgeholfen werden. Dazu sind Pumpen installiert, die das Badewasser zwischen Schwimm- und Klärteich austauschen. Der Kiesgrund als mechanischer Filter und die im Klärteich wachsenden Grünpflanzen sorgen dabei für die notwendige Wasserhygiene.
Freilich bedarf es einer regelmäßigen Überprüfung, ob dieser Mechanismus ausreicht oder ob durch Störfaktoren wie zu hohe Wassertemperatur oder Überlastung durch Badegäste der natürliche Reinigungsprozess beeinträchtigt wird. Dazu werden vom Gesundheitsdienst Osnabrück laufend Wasserproben entnommen und in speziellen Laboratorien für Umweltanalytik untersucht, damit rechtzeitig Gegenmaßnahmen getroffen werden können.
Die schon seit langem in Betrieb befindlichen öffentlichen Naturbäder verweisen i.a. auf gute Erfahrungen mit der Wasserqualität.